Tout Saint Petersburg est maintenant au courant du drame qui s’est déroulé dans le cimetière. Et tout le monde a entendu le témoignage de Joe l’Indien, accablant Muff et lui faisant endosser l’entière responsabilité de l’assassinat du docteur Robinson…

Tom et son ami Joe sont outrés par la tournure des événements, mais s’interdisent de dévoiler la vérité, de raconter ce dont ils ont été témoins.

A cette pression s’ajoutant l’absence prolongée de Betty en classe et l’éducation d’une tante sévère, Tom décide avec ses copains Joe et Huck de changer de vie. Pirates ! C’est ça qu’ils veulent devenir !

Les trois garçons vont voler un radeau et naviguer jusqu’à l’île Jackson. Alors qu’à Saint Petersburg, le bruit commence à courir qu’ils ont péri noyés, Tom va faire une découverte aussi macabre qu’importante lors de l’exploration de leur nouveau territoire…